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历史上巢湖四周层峦叠嶂，树木苍翠，湖水清澈，鱼虾满湖。由于巢湖是一通江浅水湖泊，加之具有大面积的沼岸草滩和水生植物，为洄游及半洄游性鱼类提供了良好的产卵繁殖与肥育场所，也为定居性鱼类创造了适宜的栖息条件。因此水产资源丰富，以“日出斗金”著称。
到20世纪90年代，流域林木稀疏，森林覆盖率仅为6.7%。林地有所增加，但60%为幼林和稀疏林，砍伐量大于生长量，木材蓄积量仍在下降。水生植被覆盖率民国20年（1931）前约为30%，五十年代初覆盖率约为10～20%。1954年大水湖区植被几乎淹没殆尽。20世纪六十年代初，计约2万余亩，其中沉水及浮叶植物则仅呈点状分布，数量甚微，后又经1969年大水及“文化大革命”期间的人为破坏，至1978年统计，湖区植被仅剩4700余亩，只占湖泊面积的0.4%。
1959年和1960年先后修建了裕溪闸和巢湖闸后，人为地切断了巢湖唯一的通江河道，每年一般在3～8月关闸，以防江水倒灌，此时正值洄游性鱼类的溯江产卵季节，也是长江鱼苗的汛期，江湖隔绝，切断了鱼类的洄游通道和长江鱼苗倒灌入湖的机会，同时，渔业资源的过度掠取，使巢湖鱼类群体补充来源大大减少，因而导致鱼类区系组成改变和渔获产量的急剧下降。建闸后，渔获物中青、草、鲢、鳙大大减少，三钱鲲、河鲀、胭脂鱼、鲥鱼、鳗鱼等洄游性鱼类濒临绝迹。建闸前，1952年“四大家鱼”产量达250万斤，占渔获量的31.3%，1960年增加到90%，1963年锐减，只占总渔获量的15%，1980年全部大鱼产量也仅占总渔获量的20%。
由于土地面积的缩小，人口增加，加之建国后长期“以粮为纲”，沿湖农民为了获得足够的土地，自发和有组织地扩大了对湖泊的围垦。巢湖的人工围垦可以追溯到1700年以前，原来的湖泊有360多个天然湖汊、湖湾都被历代所围垦，仅清代沿湖围垦总面积就达到62.8万亩。建国后仍有分散的小面积围湖造田。人工围滩破坏了水域生态环境，改变了湖泊自然形态。肥西县的滨湖，庐江县的北闸、同春，巢湖市的龟山、散兵、花塘等围垦区，原来都是较好的湖滩、湖湾，也是水草较多、饲料丰富的鱼类产卵场所，围垦后草滩遭到严重破坏。
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